<span style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: " pingfang="" sc",="" system-ui,="" -apple-system,="" blinkmacsystemfont,="" "helvetica="" neue",="" "hiragino="" sans="" gb",="" "microsoft="" yahei="" ui",="" yahei",="" arial,="" sans-serif;="" font-weight:="" 700;="" letter-spacing:="" 1.5px;="" background-color:="" rgb(237,="" 245,="" 252);"=""> 赛库生物最近3篇引用文献解读——nature communications 2篇&ADVANCED SCIENCE 1篇.
01 组蛋白翻译后修饰（hPTMs）介导的相互作用组研究工具开发——光亲和新型探针
01 组蛋白翻译后修饰（hPTMs）介导的相互作用组研究工具开发——光亲和新型探针
[题目]：Development of nucleus-targeted histone tail-based photoaffinity probes to profile the epigenetic interactome in native cells（开发基于细胞核靶向组蛋白尾基的光亲和探针，以分析天然细胞中的表观遗传相互作用组）
[发表期刊]：Nature Communications（IF=14.7）
[DOI号]：10.1038/s41467-024-55046-8
[发表单位]：合肥工业大学/中国科学技术大学/清华大学等。
[引用产品]：细胞系RAW264.7（CellCook）
[研究思路]：用于hPTM介导的蛋白互作研究的新型光亲和探针开发
[研究内容]：组蛋白翻译后修饰（hPTMs）在调节染色质相关的蛋白互作（PPIs）中起关键作用，本文将细胞穿透肽（CPP）和核定位信号（NLS）模块整合到带有光反应基团的hPTM肽中，通过Fmoc固相肽合成法（SPPS）合成一系列探针（如H3K4me3探针1）并对其进行优化；通过共聚焦激光扫描显微镜（CLSM）和流式细胞术分析，证实NLS和CPP模块对探针1核靶向至关重要，确定了最佳的CPP和NLS模块组合。体外光交联实验表明，探针9能特异性捕获H3K4me3介导的相互作用蛋白且对细胞活力影响小。在对HeLa细胞中H3K4me3相互作用组和RAW264.7细胞中hPTM相互作用组（H3K4me3、H3K9cr和H3K9la）分析中发现多个已知和潜在的H3K4me3结合蛋白及不同细胞系中hPTM相互作用组存在差异，并验证了AF9与H3K9la的相互作用。
[创新点]：开发了一种能在天然细胞中原位分析的基于组蛋白尾部的核靶向光亲和探针，未来可拓展到原代神经元和组织研究，还可结合SILAC定量蛋白质组学进一步探索。
（hPTM介导的相互作用组示意图）
02 基因毒性治疗损伤修复新机制——VPS41促进KAI1降解
[题目]：EccDNA-Driven VPS41 Amplification Alleviates Genotoxic Stress via Lysosomal KAI1 Degradation（EccDNA驱动的VPS41扩增通过溶酶体KAI1降解减轻遗传毒性应激）
[发表期刊]：Advanced Science（IF=14.3）
[DOI号]：10.1002/advs.202501934
[发表单位]：四川大学等
[引用产品]：细胞系HEK 293T（CellCook）、 A375（CellCook）、 SiHa（CellCook）
[研究思路]：筛选研究染色体外环状DNA（EccDNA）关键基因在辐射损伤修复中的作用机制
[研究内容]：基因毒性疗法（电离辐射等）是重要的癌症治疗手段，但会引发如放射性皮肤损伤（RISI）等副作用，目前缺乏有效治疗方法。EccDNA与DNA修复、基因组不稳定性有关，本文通过电离辐射构建大鼠放射性皮肤损伤模型，用Circle-Seq技术分析EccDNA筛选确认其中显著上调的关键基因VPS41，并于体内外实验中发现VPS41与KAI1相互作用可促进KAI1经溶酶体途径降解从而抑制辐射诱导的细胞凋亡，VPS41过表达能降低辐射诱导的细胞内活性氧水平和DNA损伤，减少细胞凋亡和减轻炎症反应。
[创新点]：本研究揭示了辐射诱导的EccDNA中VPS41通过促进KAI1溶酶体降解减轻辐射损伤的新机制，为基因毒性治疗损伤修复提供了新策略。
[发表期刊]：Advanced Science（IF=14.3）
[DOI号]：10.1002/advs.202501934
[发表单位]：四川大学等
[引用产品]：细胞系HEK 293T（CellCook）、 A375（CellCook）、 SiHa（CellCook）
[研究思路]：筛选研究染色体外环状DNA（EccDNA）关键基因在辐射损伤修复中的作用机制
[研究内容]：基因毒性疗法（电离辐射等）是重要的癌症治疗手段，但会引发如放射性皮肤损伤（RISI）等副作用，目前缺乏有效治疗方法。EccDNA与DNA修复、基因组不稳定性有关，本文通过电离辐射构建大鼠放射性皮肤损伤模型，用Circle-Seq技术分析EccDNA筛选确认其中显著上调的关键基因VPS41，并于体内外实验中发现VPS41与KAI1相互作用可促进KAI1经溶酶体途径降解从而抑制辐射诱导的细胞凋亡，VPS41过表达能降低辐射诱导的细胞内活性氧水平和DNA损伤，减少细胞凋亡和减轻炎症反应。
[创新点]：本研究揭示了辐射诱导的EccDNA中VPS41通过促进KAI1溶酶体降解减轻辐射损伤的新机制，为基因毒性治疗损伤修复提供了新策略。
（机制图解）
03 肝癌潜在治疗靶点——SLC13A3
[题目]：SLC13A3 is a major effector downstream of activated β-catenin in liver cancer pathogenesis（SLC13A3是肝癌发病机制中激活β-catenin下游的主要效应因子）
[发表期刊]：Nature Communications（IF=14.7）
[DOI号]：10.1038/s41467-024-51860-2
[发表单位]：天津大学/加州大学伯克利分校等。
[引用产品]：细胞系SNU-398（CellCook）
[研究思路]：针对特定基因突变的信号通路中的新靶点作用研究
[研究内容]：肝癌是全球发病率死亡率排首位的癌症，CTNNB1功能获得性突变激活Wnt/β -catenin信号通路在肝癌发展中起关键作用，现有针对该通路或者通路β -catenin上游的抑制剂因给正常细胞带来靶向毒性而存在局限性。本文通过多数据库分析发现SLC13A3在具有功能获得 （GOF） 突变体 CTNNB1（编码 β-catenin 的基因）的人肝癌样本中表达升高，并在对8种GOF CTNNB1突变和非CTNNB1突变的肝癌细胞系的SLC13A3蛋白水平检测结果中验证了β-catenin激活可上调SLC13A3的表达，而敲低CTNNB1则降低其表达；利用相关数据库网站确定β -catenin/TCF4能直接结合SLC13A3启动子调控其转录和活性。在研究 SLC13A3对细胞代谢的调控过程中发现SLC13A3是低亲和力GSH转运体，敲低它会减少细胞内GSH影响其合成前体氨基酸，且SLC13A3通过c-MYC信号下调SLC7A5减少亮氨酸摄取，影响mTOR通路。此外研究者通过细胞和动物实验研究发现敲低或敲除SLC13A3会诱导β -catenin激活的肝癌细胞发生铁死亡和自噬，抑制β -catenin驱动的肝癌发生。SLC13A3抑制剂ACA能抑制肝癌细胞生长，诱导自噬和铁死亡，与索拉非尼有协同作用，在体内可有效抑制肿瘤生长。
[创新点]：首次揭示了β-catenin激活下游的关键效应因子SLC13A3及其重要性，为针对携带GOF CTNNB1突变的肝癌患者开发新的治疗策略提供了潜在的靶点。
【参考文献】
[1] Wang Y, Fan J, Meng X, Shu Q, Wu Y, Chu GC, Ji R, Ye Y, Wu X, Shi J, Deng H, Liu L, Li YM. Development of nucleus-targeted histone-tail-based photoaffinity probes to profile the epigenetic interactome in native cells. Nat Commun. 2025 Jan 6;16(1):415. doi: 10.1038/s41467-024-55046-8. PMID: 39762271; PMCID: PMC11704063.
[2] Shi B, Yang P, Qiao H, He J, Song B, Bai H, Jiang F, Zhang Y, Li Q, Yan T, Tu W, Yu D, Zhang S. EccDNA-Driven VPS41 Amplification Alleviates Genotoxic Stress via Lysosomal KAI1 Degradation. Adv Sci (Weinh). 2025 Apr 24:e2501934. doi: 10.1002/advs.202501934. Epub ahead of print. PMID: 40271553.
[3] Zhao W, Wang X, Han L, Zhang C, Wang C, Kong D, Zhang M, Xu T, Li G, Hu G, Luo J, Yee SW, Yang J, Stahl A, Chen X, Zhang Y. SLC13A3 is a major effector downstream of activated β-catenin in liver cancer pathogenesis. Nat Commun. 2024 Aug 30;15(1):7522. doi: 10.1038/s41467-024-51860-2. PMID: 39215042; PMCID: PMC11364541.
[发表期刊]：Nature Communications（IF=14.7）
[DOI号]：10.1038/s41467-024-51860-2
[发表单位]：天津大学/加州大学伯克利分校等。
[引用产品]：细胞系SNU-398（CellCook）
[研究思路]：针对特定基因突变的信号通路中的新靶点作用研究
[研究内容]：肝癌是全球发病率死亡率排首位的癌症，CTNNB1功能获得性突变激活Wnt/β -catenin信号通路在肝癌发展中起关键作用，现有针对该通路或者通路β -catenin上游的抑制剂因给正常细胞带来靶向毒性而存在局限性。本文通过多数据库分析发现SLC13A3在具有功能获得 （GOF） 突变体 CTNNB1（编码 β-catenin 的基因）的人肝癌样本中表达升高，并在对8种GOF CTNNB1突变和非CTNNB1突变的肝癌细胞系的SLC13A3蛋白水平检测结果中验证了β-catenin激活可上调SLC13A3的表达，而敲低CTNNB1则降低其表达；利用相关数据库网站确定β -catenin/TCF4能直接结合SLC13A3启动子调控其转录和活性。在研究 SLC13A3对细胞代谢的调控过程中发现SLC13A3是低亲和力GSH转运体，敲低它会减少细胞内GSH影响其合成前体氨基酸，且SLC13A3通过c-MYC信号下调SLC7A5减少亮氨酸摄取，影响mTOR通路。此外研究者通过细胞和动物实验研究发现敲低或敲除SLC13A3会诱导β -catenin激活的肝癌细胞发生铁死亡和自噬，抑制β -catenin驱动的肝癌发生。SLC13A3抑制剂ACA能抑制肝癌细胞生长，诱导自噬和铁死亡，与索拉非尼有协同作用，在体内可有效抑制肿瘤生长。
[创新点]：首次揭示了β-catenin激活下游的关键效应因子SLC13A3及其重要性，为针对携带GOF CTNNB1突变的肝癌患者开发新的治疗策略提供了潜在的靶点。
【参考文献】
[1] Wang Y, Fan J, Meng X, Shu Q, Wu Y, Chu GC, Ji R, Ye Y, Wu X, Shi J, Deng H, Liu L, Li YM. Development of nucleus-targeted histone-tail-based photoaffinity probes to profile the epigenetic interactome in native cells. Nat Commun. 2025 Jan 6;16(1):415. doi: 10.1038/s41467-024-55046-8. PMID: 39762271; PMCID: PMC11704063.
[2] Shi B, Yang P, Qiao H, He J, Song B, Bai H, Jiang F, Zhang Y, Li Q, Yan T, Tu W, Yu D, Zhang S. EccDNA-Driven VPS41 Amplification Alleviates Genotoxic Stress via Lysosomal KAI1 Degradation. Adv Sci (Weinh). 2025 Apr 24:e2501934. doi: 10.1002/advs.202501934. Epub ahead of print. PMID: 40271553.
[3] Zhao W, Wang X, Han L, Zhang C, Wang C, Kong D, Zhang M, Xu T, Li G, Hu G, Luo J, Yee SW, Yang J, Stahl A, Chen X, Zhang Y. SLC13A3 is a major effector downstream of activated β-catenin in liver cancer pathogenesis. Nat Commun. 2024 Aug 30;15(1):7522. doi: 10.1038/s41467-024-51860-2. PMID: 39215042; PMCID: PMC11364541.
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